داستان نزدیک به یک قرن از اتفاقات شماره اول و جریانات گلادوس و شل می گذرد. حالا دیگر وضع آزمایشگاه Aperture بسیار تغییر کرده و حالا به ساختمانی متروکه تبدیل شده است. گلادوس از کار افتاده و هوش مصنوعی های دیگر فرصتی برای ابراز وجود پیدا کرده اند. همین طور شل هم به خوابی فرو رفته که آزمایشگاه  Aperture به او القا کرده است.شاید در ابتدا برای بازی کننده جای تعجب باشد که گلادوس و شل که جزو ارکان اصلی شماره اول بودند و آزمایشگاه Aperture  که لوکیشن اصلی آن بود , همگی در سکوت باشند و نقششان در بازی کم رنگ شود. اما وقتی که با ویتلی آشنا شوند می فهمند که این شماره هم به داستان های گلادوس و شل مربوط می شود !ویتلی که وضع آزمایشگاه را بسیار وخیم می بیند تصمیم می گیرد شل را از خواب بیدار کند. اما از نادانی اش به اشتباه گلادوس را هم بیدار می کند و همین مسئله بهانه ای است برای شروع داستان شماره دوم بازی  Portal . شل در ابتدا از وضعیت آزمایشگاه تعجب می کند و از ویتلی می خواهد که برای او توضیح دهد که در این ۱۰۰ سال چه بلایی بر سر آزمایشگاه آپرچر آمده است.  ویتلی هم برای این که او را با فضای حال حاضر آزمایشگاه آشنا کند , یک مقدار معمای ساده برای او در نظر می گیرد و بازی کننده را به بخش تمرینی بازی می فرستد تا در آن جا برای معما های بسیار سخت بازی آماده شود.
اگر نسخه یک را بازی کرده باشید مطمئنا از این نسخه نخواهید گذشت . بازی شدیدا شما را درگیر معماهای پازل مانند خود میکند به عبارتی شما در این بازی فسفر بیشتری نسبت به دیگر بازی ها خواهید سوزاند .